Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:8l83gtgm62r6r026 > Interoperable and s...

Interoperable and scalable data analysis with microservices [Elektronisk resurs] Applications in metabolomics

Emami Khoonsari, Payam (författare)
Moreno, Pablo (författare)
Bergmann, Sven (författare)
Burman, Joachim, 1974- (författare)
Capuccini, Marco (författare)
Carone, Matteo (författare)
Cascante, Marta (författare)
de Atauri, Pedro (författare)
Foguet, Carles (författare)
Gonzalez-Beltran, Alejandra N. (författare)
Hankemeier, Thomas (författare)
Haug, Kenneth (författare)
He, Sijin (författare)
Herman, Stephanie (författare)
Johnson, David (författare)
Kale, Namrata (författare)
Larsson, Anders (författare)
Neumann, Steffen (författare)
Peters, Kristian (författare)
Pireddu, Luca (författare)
Rocca-Serra, Philippe (författare)
Roger, Pierrick (författare)
Rueedi, Rico (författare)
Ruttkies, Christoph (författare)
Sadawi, Noureddin (författare)
Salek, Reza M. (författare)
Sansone, Susanna-Assunta (författare)
Schober, Daniel (författare)
Selivanov, Vitaly (författare)
Thévenot, Etienne A. (författare)
van Vliet, Michael (författare)
Zanetti, Gianluigi (författare)
Steinbeck, Christoph (författare)
Kultima, Kim (författare)
Spjuth, Ola (författare)
Spjuth (medarbetare)
Kultima and Spjuth (medarbetare)
Spjuth; National Bioinformatics Intrastructure Sweden (NBIS) (medarbetare)
Spjuth (medarbetare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitet Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitet Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet (utgivare)
Publicerad: 2019
Engelska.
Ingår i: Bioinformatics. - 1367-4803. ; 35:19, 3752-3760
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Motivation Developing a robust and performant data analysis workflow that integrates all necessary components whilst still being able to scale over multiple compute nodes is a challenging task. We introduce a generic method based on the microservice architecture, where software tools are encapsulated as Docker containers that can be connected into scientific workflows and executed using the Kubernetes container orchestrator. Results We developed a Virtual Research Environment (VRE) which facilitates rapid integration of new tools and developing scalable and interoperable workflows for performing metabolomics data analysis. The environment can be launched on-demand on cloud resources and desktop computers. IT-expertise requirements on the user side are kept to a minimum, and workflows can be re-used effortlessly by any novice user. We validate our method in the field of metabolomics on two mass spectrometry, one nuclear magnetic resonance spectroscopy and one fluxomics study. We showed that the method scales dynamically with increasing availability of computational resources. We demonstrated that the method facilitates interoperability using integration of the major software suites resulting in a turn-key workflow encompassing all steps for mass-spectrometry-based metabolomics including preprocessing, statistics and identification. Microservices is a generic methodology that can serve any scientific discipline and opens up for new types of large-scale integrative science. 

Ämnesord

Natural Sciences  (hsv)
Computer and Information Sciences  (hsv)
Bioinformatics (Computational Biology)  (hsv)
Naturvetenskap  (hsv)
Data- och informationsvetenskap  (hsv)
Bioinformatik (beräkningsbiologi)  (hsv)

Genre

government publication  (marcgt)
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy