A Large-Scale Genome-Wide Gene-Gene Interaction Study of Lung Cancer Susceptibility in Europeans With a Trans-Ethnic Validation in Asians [Elektronisk resurs]
-
Zhang, Ruyang (författare)
-
Shen, Sipeng (författare)
-
Wei, Yongyue (författare)
-
Zhu, Ying (författare)
-
Li, Yi (författare)
-
Chen, Jiajin (författare)
-
Guan, Jinxing (författare)
-
Pan, Zoucheng (författare)
-
Wang, Yuzhuo (författare)
-
Zhu, Meng (författare)
-
Xie, Junxing (författare)
-
Xiao, Xiangjun (författare)
-
Zhu, Dakai (författare)
-
Li, Yafang (författare)
-
Albanes, Demetrios (författare)
-
Landi, Maria Teresa (författare)
-
Caporaso, Neil E. (författare)
-
Lam, Stephen (författare)
-
Tardon, Adonina (författare)
-
Chen, Chu (författare)
-
Bojesen, Stig E. (författare)
-
Johansson, Mattias (författare)
-
Risch, Angela (författare)
-
Bickeböller, Heike (författare)
-
Wichmann, H-Erich (författare)
-
Rennert, Gadi (författare)
-
Arnold, Susanne (författare)
-
Brennan, Paul (författare)
-
McKay, James D. (författare)
-
Field, John K. (författare)
-
Shete, Sanjay S. (författare)
-
Le Marchand, Loic (författare)
-
Liu, Geoffrey (författare)
-
Andrew, Angeline S. (författare)
-
Kiemeney, Lambertus A. (författare)
-
Zienolddiny-Narui, Shan (författare)
-
Behndig, Annelie F., 1963- (författare)
-
Johansson, Mikael (författare)
-
Cox, Angela (författare)
-
Lazarus, Philip (författare)
-
Schabath, Matthew B. (författare)
-
Aldrich, Melinda C. (författare)
-
Dai, Juncheng (författare)
-
Ma, Hongxia (författare)
-
Zhao, Yang (författare)
-
Hu, Zhibin (författare)
-
Hung, Rayjean J. (författare)
-
Amos, Christopher I. (författare)
-
Shen, Hongbing (författare)
-
Chen, Feng (författare)
-
Christiani, David C. (författare)
-
Umeå universitet Medicinska fakulteten (utgivare)
-
Umeå universitet Medicinska fakulteten (utgivare)
- Publicerad: Elsevier, 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Thoracic Oncology. - 1556-0864. ; 17:8, 974-990
-
Läs hela texten
-
Läs hela texten
-
Läs hela texten
- Relaterad länk:
-
http://www.umu.se/ (Värdpublikation)
Sammanfattning
Ämnesord
Stäng
- Introduction: Although genome-wide association studies have been conducted to investigate genetic variation of lung tumorigenesis, little is known about gene-gene (G × G) interactions that may influence the risk of non-small cell lung cancer (NSCLC). Methods: Leveraging a total of 445,221 European-descent participants from the International Lung Cancer Consortium OncoArray project, Transdisciplinary Research in Cancer of the Lung and UK Biobank, we performed a large-scale genome-wide G × G interaction study on European NSCLC risk by a series of analyses. First, we used BiForce to evaluate and rank more than 58 billion G × G interactions from 340,958 single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Then, the top interactions were further tested by demographically adjusted logistic regression models. Finally, we used the selected interactions to build lung cancer screening models of NSCLC, separately, for never and ever smokers. Results: With the Bonferroni correction, we identified eight statistically significant pairs of SNPs, which predominantly appeared in the 6p21.32 and 5p15.33 regions (e.g., rs521828C6orf10 and rs204999PRRT1, ORinteraction = 1.17, p = 6.57 × 10−13; rs3135369BTNL2 and rs2858859HLA-DQA1, ORinteraction = 1.17, p = 2.43 × 10−13; rs2858859HLA-DQA1 and rs9275572HLA-DQA2, ORinteraction = 1.15, p = 2.84 × 10−13; rs2853668TERT and rs62329694CLPTM1L, ORinteraction = 0.73, p = 2.70 × 10−13). Notably, even with much genetic heterogeneity across ethnicities, three pairs of SNPs in the 6p21.32 region identified from the European-ancestry population remained significant among an Asian population from the Nanjing Medical University Global Screening Array project (rs521828C6orf10 and rs204999PRRT1, ORinteraction = 1.13, p = 0.008; rs3135369BTNL2 and rs2858859HLA-DQA1, ORinteraction = 1.11, p = 5.23 × 10−4; rs3135369BTNL2 and rs9271300HLA-DQA1, ORinteraction = 0.89, p = 0.006). The interaction-empowered polygenetic risk score that integrated classical polygenetic risk score and G × G information score was remarkable in lung cancer risk stratification. Conclusions: Important G × G interactions were identified and enriched in the 5p15.33 and 6p21.32 regions, which may enhance lung cancer screening models.
Ämnesord
- Medical and Health Sciences (hsv)
- Basic Medicine (hsv)
- Medical Genetics (hsv)
- Medicin och hälsovetenskap (hsv)
- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv)
- Medicinsk genetik (hsv)
Genre
- government publication (marcgt)
Indexterm och SAB-rubrik
- Cancer risk
- Gene-gene interaction
- Genetic screening model
- GWAS
- Lung cancer
- Single nucleotide polymorphism
Inställningar
Hjälp
Ingår i annan publikation. Gå till titeln
Journal of Thoracic Oncology